我国对不起诉适用的程序包括：(一)审查。经过审查起诉，认为需要作不起诉处理的，承办案件的检察官应当写出审查报告，经部门负责人审核，报主管检察长决定或由主管检察长提交检察委员会讨论决定。(二)决定不起诉。不起诉的决定权由检察长和检察委员会行使。(三)宣布和送达。人民检察院应公开宣布不起诉决定，并将不起诉决定书分别送达被不起诉人及其所在单位、被害人或者其近亲属以及被害人的诉讼代理人。送达时，应当告知被害人或者其近亲属、诉讼代理人，如果对不起诉决定不服，可以自收到不起诉决定书后7日内向上一级人民检察院申诉，也可以不经申诉直接向人民法院起诉。对于依照刑事诉讼法第一百四十二条第二款规定而被不起诉的人，应当告知其如果对不起诉决定不服，可以自收到不起诉决定书后7日内向人民检察院申诉。(四)不起诉的善后工作。不起诉决定宣告及送达后，应及时解除强制措施，解除扣押、冻结，对需要给予被不起诉人行政处罚、行政处分或没收其违法所得的提出检察意见并移送有关主管机关处理等。(五)报请批准。根据2005年9月最高人民检察院检察委员会第十届第三十九次会议通过的《关于省级以下人民检察院对直接受理侦查案件作撤销案件、不起诉决定报上一级人民检察院批准的规定(试行)》，省级以下人民检察院对直接受理侦查案件作不起诉决定的要报上一级人民检察院批准。
根据2003年9月通过、2004年7月修订的《最高人民检察院关于实行人民监督员制度的规定(试行)》，人民检察院查办的职务犯罪案件作不起诉处理的，实行人民监督员监督制度。
对于公安机关移送起诉的案件，人民检察院决定不起诉的，应当将不起诉决定书送达公安机关。公安机关认为不起诉决定有错误的时候，可以要求复议，如果意见不被接受，可以提请上一级人民检察院复核。
