二是论证与解释性。公诉意见书与起诉书最突出的区别之一，起诉书是叙述性和确认性的，而公诉意见书则应当具有论证性和解释性。即对事实证据作出论证，对定罪量刑的理由作出论证，从而达到说服法庭确认起诉指控的目的。论证的同时，也是解释检察机关的起诉指控的根据和理由，说明起诉有理有据。
三是补充诉求性。起诉书是检察机关向审判机关提出诉讼请求的基本法律文件，对案件基本事实和犯罪性质的指控变更以及对指控事实的补充，须纳入庭审调查范围的，应当采用变更、补充起诉书的方式，而不能用公诉意见书作变更和补充。然而，对量刑问题上的检察认定和诉讼要求，就可以通过公诉意见书补充表达。如被告人认罪态度的好坏、犯罪结果的严重性、社会影响是否恶劣等等，公诉意见书中均可作出分析。此外，还可以提出具体的量刑建议。
四是宣传教育性。检察官发表的公诉意见书无论其是否包括专门的法制教育内容，均具有突出的宣传教育性。因为其中必然包含对法理的阐述，对犯罪及其危害性的指控和控诉，对维护法治秩序意义的强调，以及对无理辩解及至狡说的驳斥等等。从这个意义上，公诉意见书应当是一篇优秀的法治讲演。因此，公诉意见书应当是充分说理的、逻辑清晰的、准确而有力的。
公诉意见书的上述四个特性与功能，也是我们对公诉意见书制作的基本要求。但从公诉实践看，在实现上述几点要求时，有两个问题需要进一步解决：
其一，怎样进行证据和事实的总结论证。检察官的公诉发言均应就案件的事实和证据陈述意见。然而，对事实和证据的论述方式应根据案件和庭审的具体情况确定。这里有一个要点，即在事实证据问题上，将案件区分为有争议的和无争议的两类案件。对有争议的问题，应进行论证包括驳论，对关键问题要重点论证。如果案件事实清楚而无争议，则可直接认定事实。一般来说，就事实认定主要采用四种形式：1、根据证据论证事实，既有事实、又有证据的判决型;2、以陈述事实为主，把证据揉入其中，但不作专门论述的论文型;3、只对重要事实、证据作分析的重点例举型;4、只对争论点加以论述的争辩型。我们可以根据实践需要分别采用不同的事实认定方式。
